U drugi milenij Hajduk je krenuo s četvrtim naslovom prvaka hrvatske pod vodstvom trenera Zorana Vulića s momčadi kojoj su okosnicu činili domaći igrači ponikli u omladinskom pogonu. Završni dio sezone, Ligu za prvaka, Hajdukovci su odigrali superiorno uz osam pobjeda, neodlučenim u Koprivnici i minimalnim porazom u Maksimiru čime su nadoknadili pet bodova zaostatka za Dinamom nakon prvog dijela natjecanja. Vrhunac sezone bila je utakmica u Varaždinu kojeg su preplavile tisuće navijača Bijelih iz cijele zemlje. Nakon pobjede Hajdukovaca od 4:2 počelo je slavlje u Splitu.
U kvalifikacijama za Ligu prvaka penalima je preskočen Ferencvaros, ali se nije uspjelo pored Reala Mallorce iako je malo nedostajalo. Nakon pobjede u Poljudu od 1:0 golom Mate Bilića poslije produžetaka u uzvrat je bilo 0:2.
Iduće sezone trofejna sala u Poljudu obogaćena je za još jedno „sunce“. U finalnim susretima Kupa Hajduk je lako nadigrao pulski Uljanik s 1:0 , 4:0.
U sezoni 2003/04. na klupu se vraća Zoran Vulić i Bijeli od početka kreću pobjednički. Vodeću poziciju nakon prvog dijela zadržavaju i u ligi za prvaka, a proslava naslova prvaka opet je bila protiv Varteksa, samo ovog puta pobjedom od 2:0 na Poljudu.
I treći put je protivnik u odlučujućoj utakmici za prvaka bio Varteks već iduće sezone 2004/05. Hajduk je sezonu započeo s Ivanom Katalinićem na klupi, ali ga je nakon eliminacije od Shelbournea u drugom pretkolu Lige prvaka zamijenio Blaž Slišković s kojim se ostvaruje vodeća pozicija nakon prvog dijela. U proljeće se kreće s velikom euforijiom nakon jednog od senzacionalnih transfera i dovođenja Nike Kranjčara, a mjesto na klupi zauzima sportski direktor Igor Štimac zajedno s Petrom Nadovezom. Šesti naslov prvaka Hrvatske slavi se nakon 6:0 protiv Varaždinaca.
Početak naredne sezone obilježio je novi čovjek na klupi – Ćiro Blažević, ali i najteža europska eliminacija protiv mađarskog Debrecena s 0:3 i 0:5.
Godinama gomilani financijski problemi sve su više počeli pritiskati klub, pa se početkom 2008. godine Hajduk našao pred stečajem. Izlaz se međutim, našao u primjeni odredaba Zakona o športu o pretvorbi kluba u športsko dioničko društvo. Pretvorba je uspješno obavljena uz odaziv navijača, grada Splita i nekolicine bogatih poduzetnika, pa je Hajduk registriran kao prvo športsko dioničko društvo u Hrvatskoj...
U sezoni 2009./10. nakon 7 godina Hrvatski kup ponovo je na Poljudu.
Hajduk je u finalu protiv Šibenika pobijedio u obje utakmice i ukupnim rezultatom 4:1 osvojio trofej. Odmah na početku iduće sezone, Hajduk je u 3. pretkolu europskih kvalifikacija, u odličnoj atmosferi na Poljudu najprije eliminirao Dinamo iz Bukurešta, a zatim u play-offu i drugog rumunjskog predstavnika Unireu, te se tako se po prvi put plasirao u grupnu fazu UEFA Europske lige. Iz tog natjecanja pamtit će se gol mladog napadača Ante Vukušića u sudačkoj nadoknadi za veliku pobjedu nad belgijskim Anderlechtom.
U sezoni 2012./13. Hajduk je šesti put osvojio Hrvatski nogometni kup pobjedivši u prvoj finalnoj utakmici momčad zagrebačke Lokomotive 2:1 na svome Poljudu, a u uzvratu u Zagrebu nakon neriješenog rezultata 3:3 nakon tri godine ponovo donio trofej u Split.
Korišten je materijal iz knjiga Jurice Gizdića: Hajduk u službenim natjecanjima, 100 godina Hajduka, Hajdukovi predsjednici i Hajdukovi treneri. Povijest Hajduka po desetljećima uredio je Dag Baldasar.
2000./01.
2001./02.
2002./03.
2003./04.
2004./05.
2005./06.
2006./07.
2007./08.
2008./09.
2009./10.
2010./11.
2011./12.
