Propušteno prethodne godine Hajdukovci su vratili 8. svibnja 1991. godine protiv istog protivnika na istom stadionu JNA u Beogradu. U napetoj političkoj situaciji i čudnoj atmosferi na tribinama Bijeli su slavili sjajnim pogotkom Alena Bokšića protiv sastava C.zvezde koji se tih dana okitio naslovom prvaka Europe.
Mjesec dana nakon finala Hajduk je u Zrenjaninu odigrao posljednju utakmicu u Prvenstvu Jugoslavije pobijedivši Proleter s 3:2. Posljednji pogodak u toj je ligi postigao Ardijan Kozniku koji će svojim golgeterskim sposobnostima obilježiti i početak natjecanja u Hrvatskoj nogometnoj ligi
UEFA ne dozvoljava Hajduku da u prvom kolu Kupa pobjednika kupova ugosti Tottenhama u Splitu, ali Bijeli i u austrijskom Linzu ostvaruju 1:0 pobjedu golom Maria Novakovića. U uzvratu na White Heart Laneu Englezi ostvaruju 2:0 i po treći put u europskim ogledima eliminiraju Bijele
Koncem veljače 1992. godine startalo je prvo Prvenstvo Hrvatske u koje Hajduk kreće nezadrživim nizom pobjeda od kojih je prva protiv Istre 3:1. Prvenstvo završava već 13. lipnja Hajdukovom pobjedom protiv Šibenika 4:1 i slavljem za prvi naslov prvaka Hrvatske. Najbolji strijelac prvog prvenstva je Kozniku s 12 pogodaka.
Iduće sezone Hajdukovci ne uspijevaju obraniti naslov prvaka, ali zato prvi put osvajaju Hrvatski kup i to u finalu protiv Croatie (4:1, 1:2)
U sezoni 1993/94. počinje sjajna era momčadi trenera Ivana Katalinića iako momčad ostaje bez Novakovića i Jeličića koji prelaze u redove najvećeg konkurenta na Maksimir. Opet Hajduk zbog ratne situacije ne može prvo kolo Kupa pobjednika kupova igrati na Poljudu, već je domaćin Ajaxu u Ljubljani. U nezaboravnoj atmosferi na stadionu pod Bežigradom pogotkom Ivice Mornara slave Bijeli s 1:0, ali je u Amsterdamu završilo s najvećim Hajdukovim porazom u euro natjecanjima 0:6. Iako je u uzvratu bilo 0:6 poraz od Hajduka u Ljubljani bio je jedini koji je jedna od najboljih momčadi Europe (Van der Saar, braća de Boer, Davids, Seedorf, Rijkaard, Klujvert, Kanu, Litmanen…) pretrpjela u europskim utakmicama te i iduće sezone.
Te je sezone ipak osvojena titula prvaka koja je potvrđena pobjedom na igralištu u Kranjčevićevoj ulici protiv izravnog suparnika Zagreba pogotkom Zorana Vulića iz slobodnog udarca.
Slijedeće sezone Bijeli osvajaju do sada jedinu dvostruku krunu u hrvatskim natjecanjima. U prvenstvu su za bod bolji od Croatie, a u finalu Kupa istog suparnika pobjeđuju u oba susreta (3:2, 1:0)
Ta sezona ostaje međutim, zabilježena i po najuspješnijim nastupima hrvatskog prvaka u Ligi prvaka. S dvije pobjede protiv poljske Legie (1:0, 4:0) Hajdukovci su se plasirali u prvu Ligu prvaka i odmah priredili iznenađenje prolazom natjecanja u grupi poslije pobjeda protiv Anderlechta i Steaue. U četvrtzavršnici je protivnik opet bio veliki Ajax. Kasniji prvak Europe, koji je bio bolji nakon 0:0 na Poljudu i 0:3 u Amsterdamu.
U ljeto 1995. Hajdukovci igraju kvalifikacije za Ligu prvaka protiv Panathinaikosa i u prvoj utakmici pred praznim stadionom u Ateni, zbog kazne, ostvaruju odličnih 0:0. Na žalost, i po treći put je Splićanima onemogućeno da europske susrete igraju na svom Poljudu, pa su u uzvratu domaćini u Rijeci. Uz puno nesreće ostalo je 1:1 čime je klub eliminiran iz Europe, ali i ozbiljno financijski uzdrman.
Do kraja dekade klub se nije oporavio i uglavnom je gledao u leđa Dinamu. Jedina svijetla točka bila je odlična generacija kadeta i juniora predvođena Pletikosom, Miladinom, Lekom i drugima koji 2000. godine uspijevaju donijeti treći put Hrvatski kup na Poljud, opet u Finalu s Dinamom (2:0, 0:1), a predvođeni Petrom Nadovezom.
Korišten je materijal iz knjiga Jurice Gizdića: Hajduk u službenim natjecanjima, 100 godina Hajduka, Hajdukovi predsjednici i Hajdukovi treneri. Povijest Hajduka po desetljećima uredio je Dag Baldasar.
