Elvir Maloku debitirao je u dresu Hajduka 28. kolovoza 2013. godine u utakmici protiv Lokomotive u Zagrebu kod trenera Igora Tudora.
U tri sezone provedene u bijelom dresu, Elvir je 69 puta nastupio u službenim natjecanjima, od čega 48 puta u prvenstvenim utakmicama.
Postigao je ukupno 7 zgoditaka, a ostat će upisan kao najmlađi Hajdukov strijelac u Hrvatskom kupu sa 17 godina i 140 dana.
Svoju posljednju utakmicu za Bijele, Elvir je odigrao na Poljudu protiv Rijeke, 24. travnja 2016. godine.
Elviru želimo puno sreće i uspjeha u nastavku karijere.